هدف از سالم سازي شير از بين بردن ميكروارگانيسمهاي بيماري زا مي باشد و اين باعث افزايش طول عمر نگهداري شير خواهد گشت. آنزيم هاي موجود در شير بايد بطور كامل بجز معدودي از آنها با استفاده از حرارت دادن غير فعال شوند. بطور كلي استفاده از روش حرارتي براي افزايش طول عمر نگهداري شير اثرات نا مطلوبي بر روي تركيبات شيميايي شير (شامل: كازئين، پروتئين محلول در آب، لاكتوز، ويتامين ها و مواد معدني) دارد. لذا بايد سعي شود كه اثرات منفي را به حداقل رساند. روشهاي حرارتي عبارتند از: 1- پاستوريزاسيون، 2- استريليزاسيون متداول، 3- استريليزاسيون UHT   پاستوريزاسيون از نظر صنعتي يعني حرارت دادن مواد غذايي در دماي زير نقطه جوش آب. در سال       1886-1876 براي نخستين بار پاستور متوجه شد براي نگهداري مواد غذايي به مدت طولاني، حرارت 60 درجه سانتي گراد باعث از بين رفتن ميكروب هاي بيماريزا مي شود اين روش بعدا در مورد ساير مواد غذايي از جمله شير به كار گرفته شدو به نام ابداع كننده آن به پاستوريزاسيون مشهور گشت. انواع روش هاي حرارتي براي پاستوريزاسيون شير: پاستوريزاسيون كندLTLT ، پاستوريزاسيون تند  HTST، پاستوريزاسيون در درجه حرارت بالا. در اين  كارخانه از روش HTST براي  پاستوريزاسيون استفاده مي شود. خط توليد به صورت كلي به شرح زير مي باشد (عمليات تك فرآيند) : ابتدا شير وارد مخزن نگهداري شير خام مي شود بعد وارد بالانس تانك مي گردد، سپس به تبادل حرارت اول رفته بعد به سپراتور منتقل مي گردد، در مرحله بعد به تبادل گرما رفته سپس به لوله هاي مارپيچ ( Holder or Houking tube) مي رود و مجدداً وارد مرحله تبادل حرارت اول مي شود سپس وارد تبادل سرما شده و در آخر وارد مخزن نگهدارنده شير پاستوريزه  مي گردد و شير پاستوريزه به اتاق سرد خانه مي رود. در بالانس تانك شدت جريان شير را به حد ثابت مي رسانيم به گونه اي كه قطع و وصل جريان نداشته باشيم. در صورت تغيير در جريان سرعت در خط توليد با مشكلات زيادي مواجه خواهيم شد به گونه اي كه اگر ميزان جريان كم باشد در مرحله تبادل حرارت زمان توقف در اين مرحله افزايش يافته و شير مي سوزد و سنگ شير توليد مي شود. پس در هر فرآيند حرارتي بايد يك بالانس براي تنظيم ميزان جريان داشته باشيم. در مرحله تبادل حرارت اول دماي شير را بهC ْ 40- 35 رسانده تا در مرحله بعدي شير به راحتي چربي خود را از دست بدهد. در سپراتور شير را استاندارد مي كنيم، بدين گونه كه با تنظيم چربي شير آن را استاندارد مي نماييم، اساس كار سپراتور جداسازي فاز مايع از مايع و فاز جامد از مايع مي باشد كه اين عمل با كمك نيروي گريز از مركز انجام  مي شود. در مرحله تبادل گرما دماي شير بهC ْ77-75 مي رسد. در مرحله هموژن كردن شير وارد هموژنيزاتور مي شود، ابتدايي ترين عمل هموژنيزاتور شكستن گويچه هاي چربي و يكنواخت كردن چربي شير مي باشد، اما مهمترين عمل آن كمك به Mix كردن است. اساس كار آن بر پايه رفت و برگشت سيلندرهاست. شير در ورود به دستگاه با حركت سيلندر هايي به يكسري صفحات برخورد مي كند و به دليل ايجاد فشار در لبه هاي صفحات گويچه هاي چربي ريز مي شوند، هر محصول فشار هموژنيزاتور خاص خود را دارد و در مورد شيرهاي معموليPSI 2000- 1000 است در صورتيكه در مورد خامه صبحانه فشار PSI 2000- 1500 و در مورد خامه كاكائو   PSI2500 - 2000 است. به طور كلي دو نوع محصول از نظر همگن بودن وجود دارد : 1- محصولات همگن، يكنواخت يا هموژن 2- محصولات غير همگن، غير يكنواخت يا غير هموژن در كارخانه گلا همه محصولات از نوع، محصولات يكنواخت (هموژن) مي باشند. مزاياي شير هموژن : گويچه هاي چربي بطور يكنواخت در شير پخش شده اند، در شير هموژن قدرت جذب بالاست زيرا Pr و چربي در آن ريز و آماده جذب مي شوند و براي افرادي كه ناراحتي هاي گوارشي دارند، كودكان و سالمندان مصرف اين محصولات توصيه مي شود. عيب شير هموژن : گويچه هاي چربي در حصاري از مولكولهاي Pr قرار دارند، در اثر فشار هموژنيزاتور اين حصار شكسته شده و گويچه هاي چربي از آنها خارج شده و ريز مي شوند و سطح تماس آنها افزايش مي يابد و در نتيجه بر اثر نور زودتر اكسيد مي شوند و ايجاد طعم نامطبوع مي كتد. كه راه بر طرف كردن اين مشكل استفاده از بسته بندي هاي رنگي براي جلوگيري از نفوذ نور به شير است. بايد توجه داشت كه عمر محصولات هموژن يك روز بيشتر از محصولات غير هموژن مي باشد. در مرحله ورود به لوله هاي مارپيچ مدت زمان پاستوريزه اعمال مي شود. در واقع در لوله هاي مارپيچ است كه باكتري هاي مضر چون E.Coli از بين مي رود. از نظر طراحي، دستگاه پاستوريزه به گونه اي طراحي شده است كه در طي 20- 15 ثانيه عمل پاستوريزاسيون صورت مي گيرد، ولي از نظر فني اين عمل در لوله مارپيچ صورت مي گيرد، بر روي  لوله مارپيچ recorder متصل است كه دما را به صورت منحني در طي زمان هاي مختلف نمايش مي دهد.  نقاط بحراني (CCP) مهم در اين مراحل شامل: 1- دماي پاستوريزه، 2- فشار هموژنيزاتور، 3- بسته بندي در خط توليد و ساير نقاط در آزمايشگاه بررسي مي گردد. *در موردMix  بايد نمونهMix  شده مورد تائيد آزمايشگاه قرار گيرد و سپس پاستوريزه شود. در طي فرآيند توليد دائما نمونه اي از شير به آزمايشگاه منتقل مي شود تا تأئيد شود.