یکی از بزرگترین گروه باکتری های پروبیوتیک در روده، باکتری اسید لاکتیک است که لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس موجود در ماست یکی از شناخته شده ترین آن ها است. هم چنین، مخمر نیز حاوی مواد پروبیوتیک (Saccharomyces boulardii ) است. بیفیدوباکتری نیز یکی دیگر از باکتری های پروبیوتیک مهم است. 

انواع گوناگون باکتری های پروبیوتیک، اثرات مختلفی نیز دارند. پروبیوتیک ها به صورت مکمل های غذایی نیز یافت می شوند. پروبیوتیک ها از پری بیوتیک ها مجزا هستند. . موز، عسل، مارچوبه، کنگر فرنگی، سیر و پیاز پروبیوتیک های طبیعی می باشند، اما برای اثر بخشی بایستی مقادیر زیادی از آنها مصرف گردد. موز، عسل، مارچوبه، کنگر فرنگی، سیر و پیاز پروبیوتیک های طبیعی می باشند، اما برای اثر بخشی بایستی مقادیر زیادی از آنها مصرف گردد. فراورده های لبنی ، مهمترین حامل پروبیوتیک ها  محسوب می شوند 

 نمونه هایی از غذاهای تخمیر شده تخمیری حاو پروبیوتیک:

* ساورکراوت (کلم پیچ خورد شده و آب پز شده با سرکه)
* کیمچی (یک خوراک تخمیرشده سنتی کره ای است که از سبزیجات و ادویه جات گوناگون و فلفل قرمز درست می شود)
* کفیر (لبنی یا غیر لبنی)
* برخی انواع خیارشور (غیرپاستوریزه)
* سایر شورهای سبزیجات (غیرپاستوریزه)