RT-PCR: مخفف «Reverse Transcription» یا «رونوشت برداری معکوس» هست و به واکنشی که در آن ، از رویRNA، دی‌ان‌ای ساخته می‌شود

در رونوشت برداری عادی داخل هسته،از روی دی‌ان‌ای، RNA ساخته می‌شه. در این واکنش، برعکس این اتفاق می‌افتد.

DNAی که اینجا ساخته می‌شود، تک رشته‌ای هست (مکمل رشته RNA) و به «DNAی مکمل»  یا (cDNA) معروف است ==>   Complementary DNA

PCR: مخفف «Polymerase Chain Reaction» یا «واکنش زنجیره‌ای پلیمراز» هست .در این روش، از روی یک قسمت خاص از DNی شما، تکثیر انجام می‌گیرد. و محصول نهایی (در صورت وجود و تکثیر شدن)، با راندن نمونه روی ژل دیده می‌شود.

RealTime-PCR: در این واکنش، از نمونه DNAی شما، تکثیر می‌شود و همونطور که از اسمش پیدا است (Real Time)، در هر لحظه، مقدار محصول تولیدی را نشان می دهد.

در واکنش PCR معمولی، شما مواد واکنش دهنده را داخل تیوب می‌ریزید، و داخل دستگاه قرار می دهید، که بعد اتمام سیکل‌ها، نمونه را روی ژل برده که فقط نگاه می کنید که  آیا باندی تشکیل شده است یا خیر. یعنی فقط نتیجه را بصورت «کیفی» می‌بینید (تکثیر شده یا نشده). اما در این واکنش (Real Time) علاوه بر اینکه می‌توان در صفحه مانیتور کامپیو‌تر ببینید نمونه شما تکثیر شده یا نه، می‌توانید میزان تولید محصول در هر دوره (سکیل) رو هم مشاهده کنید، یعنی «کمی». 

مثلا می‌خواهید ببینید بیان یک ژن خاص، توی دوتا بافت مختلف، چقدر باهم تفاوت دارن، این روش میزان تفاوتشون رو از نظر «کمی» به شما خواهد گفت. ولی با PCR معمولی، می‌تونید ببینید که آیا این ژن خاص، دراین بافت‌ها بیان شدن یا نه.