مایه پنیر انعقاد شیر اکثرا به وسیله پروتئا زهایی که کاپاکازئین را تجزیه می کنند ، انجام می شود. پروتئازهایی که برای انعقاد شیر استفاده می شوند، عبارتند از :

الف - پروتئازهای حیــوانی مانند : پپسین ، تریپسین ، کیموتریپسین .

 ب - پروتئازهای گیـــــاهی مانند : پاپائین ، فیسین و بروملین .

 ج - پروتئازهای میکروبی مانند : باکتری ها وقارچ های سنتزکننده پروتئاز.

 جایگزین نمودن مایه پنیر حیوانی از سه منبع می توان برای جایگزین نمودن مایه پنیرحیـــــــوانی بهره گرفت که عبارتند از :

1-      مایه پنیر از طیور ( پپسین ) پپسین طیور می تواند پروتئین شیر را در PH اسیدی منعقد کند.

2-     مایه پنیر گیاهی ( Vegetable rennet ) الف – فیسین ficin ازشیره انجیر ( ( ficuscaricaتهیه می شود. فیسین می تواند پروتئین شیر را در PH 7 - 8 کواگوله نماید. ب – پاپائین ( papain ) که از خربزه درختی ( carica papaya ) استحصال می شود. این آنزیم در PH 4 – 7 و حرارت 50 – 40 درجه سانتی گراد فعال می باشد. ج – بروملین ( brmelain ) که از آناناس ( Ananas comosus ) استحصال می شود. قدرت انعقادی این مایه پنیر در مقایسه با فیسین و پاپائین بسیار نا چیز است. مایه های پنیر گیاهی حاوی ناخالصی های زیادی می می باشد. در ضمن قدرت مایه پنیر زیاد بوده و باعث مزه تلخ در پنر تولید شده می شود.

3-    مایه پنیر میکروبی مایه پنیر میکروبی را می توان به دو گروه تقسیم بندی نمود. الف – مایه پنیر قارچی قارچ هایی که پروتئاز سنتز می کنند عبارتند از: اندوتیا پارازتیکا ( Endothia parasitica ) موکورمی ( Mucor miehei ) و موکور پزیلوس ( Mucor pusilus ) که برای تولید پنیرهای سخت با ماده خشک زیاد استفاده می شود. موکورها قادرند پروتئن شیر را در حرارت بیش از 65 درجه سانتی گراد کواگوله کنند.در صورتی که اندوتیاها ( Endotihia ) در دمای بیش از 48 درجه ســــــانتی گراد غیر فعال می شوند. آنها نیز برای فعالیت به کلسیم نیاز دارند. لذا استفاده از مایه پنیر اندوتیا باید به 100 کیلو گرم شیر به میزان 2- 1 گرم کلریدکلسیم افزوده شود. ب – مایه پنیر باکتریایی ( Bacterial rennet ) با سیلوس ها ، لاکتو باسیل ها ، استروپتو کوکها به عنوان مایه پنیر باکتریایی میتوانند جایگزین پنیـــــــر حیوانی شــوند. مانند باسیــــــــلوس سبتیــــــلوس ( Bacillus subtilis ) و ( Serratoa marcescems ) که برای تولید پنیر چدا ( Chedar cheese ) استفاده می شود. باسیلوس سبتیلوس در حرارت 37 – 35 درجه سانتی گرادرشد و نمو نموده و پروتئین شیر را کواگوله می کند. تفاوت کلی بین مایه پنیر حیــوانی ومایه پنیر میـــــــکروبی این است که مایه پنیر حیوانی حاوی 8 - 4 درصـــــد پروتئاز فعال وحـــــاوی ناخالصی ، اما مایه پنیر میـــــــــکروبی حاوی 90 – 80 درصد پروتئاز فعال می باشد.